Ensuite, il poursuit une carrière diplomatique en dents de scie, puis devient préfet de l’Aude en 1803 et le demeure pendant plus de 13 ans. Cette longévité est remarquable car l’administration centrale s’efforce de faire « bouger » les préfets pour qu’ils ne deviennent pas « les rois dans leur département ». Toujours en poste au moment de la Restauration, il s’empresse de prêter serment… au Roi. Pour preuve de sa bonne foi, il met en exergue son attitude au moment du retour de « L’Usurpateur », auquel il refusa de se soumettre et contre lequel il a exhorté ses concitoyens à résister. Il évoque « ses faits d’armes » dans son Récit des événemens qui se sont passés à Carcassonne au commencement du mois d'avril 1815 : j’avois, dès le premier moment, envisagé toutes les conséquences de cette vaste et infame conspiration, et revenois avec la résolution d’être fidèle au Roi, à la vie à la mort […] Je ne connois point d’empereur, je suis préfet du Roi de France, je n’ai d’ordre à recevoir que de S.M…

Démis de ses fonctions pendant les Cents Jours, car il refuse de reconnaître l’Empereur, il devient alors rédacteur en chef du journal ultra royaliste Le Conservateur. Il réintègre son poste en 1816, heureux d’être renvoyé dans un département que j’avois quitté avec tant d’amertume au bout de 12 ans, j’y suis revenu pour éprouver un nouveau bonheur, celui de jouir de l’accueil le plus flatteur de la part de mes administrés […] 

Mais, à son retour, Claude-Joseph Trouvé était semble-t-il devenu « plus royaliste que le roi », à tel point qu’il fut remplacé dans sa préfecture en 1816 par le gouvernement qu’il avait ardemment défendu.
 

Sur un autre registre, Claude-Joseph Trouvé met en chantier sa future Description générale et statistique du Département de l’Aude, rédigée à partir des observations faites à la suite d’un recensement agricole et démographique détaillé et d’enquêtes sur l’industrie et sur l’école qu’il avait diligentées en 1807. Beaucoup plus dense que celui du préfet Barante, car il repose sur une longue réflexion, ce travail s’articule en deux volumes :

• Essai historique sur les états-généraux de la province de Languedoc, avec cartes et gravures.

Dans ce premier volume, Trouvé retrace dans une première partie l’histoire de l’organisation politique du Languedoc, de l’Assemblée de la Gaule Narbonnaise jusqu’à la Révolution. La deuxième partie fait état de l’administration de la province, des recettes et des dépenses générées, de l’état des aménagements créés et des pistes de développement. 

• Description générale et statistique du département de l'Aude

Dans ce second opus, exclusivement consacré au département, le baron Trouvé rectifie en préambule quelques erreurs et omissions et surtout « ne dissimule pas que les détails auxquels j’ai dû me livrer pourront paraître minutieux à quelques personnes, indifférents à un plus grand nombre : l’exactitude est souvent fastidieuse ; elle est pourtant indispensable en ces matières ».
En effet, l’ouvrage, considérablement détaillé et illustré par des gravures d’Ambroise Tardieu, est organisé en six livres, eux-mêmes organisés en chapitres. Le préfet y décrit la « topographie de la nature du sol aux eaux minérales, l’histoire naturelle et météorologie », de la description du règne animal à la Trombe de Leuc ; « la géographie administrative et historique par arrondissement » avec un détour par les routes, ponts et chemins ; la population, de la taille des hommes à la description des hospices, l’agriculture, aux cultures diverses, et clôture avec les contributions ; enfin, l’industrie et le commerce, de la teinture au commerce des blés.
Il publie l’ouvrage en 1818, alors qu’il a été relevé de ses fonctions. Comme pour les écrits de Barante, cette somme est d’abord rédigée en réponse à la politique du gouvernement qui, par ses enquêtes nationales, souhaite obtenir une vision précise des réalités économiques du pays. Difficile donc de ne pas imaginer que le Baron Trouvé se sert de sa conclusion pour faire part encore une fois de sa loyauté et de son désir de servir le régime en place :
« Le département de l’Aude trouve la plupart de ses ressources en lui-même, la balance commerciale est tout à son avantage. Enfin aucun département ne mérite plus que lui la protection et la bienveillance du gouvernement, comme aucun n’est plus soumis aux lois, plus attaché à l’Etat, plus dévoués à la personne des souverains. »
Relevé de son poste par la Seconde Restauration, il est réinvesti dans des fonctions ministérielles en 1829, comme maître des requêtes, puis chef de division au ministère de l’Intérieur en 1830, avant d’être renvoyé « dans l’anonymat » par la Révolution de Juillet.